Au cours des dernières décennies, la sélection génétique quantitative – basée sur des critères mesurables et sur les liens de parenté – a permis une amélioration considérable des performances en élevage. « Le gain économique lié à la génétique au cours des 20 dernières années est estimé à 1,20 euro/porc/an soit au total 24 euros sur 20 ans, ce qui correspond à 17 % de la valeur du porc d’aujourd’hui, » illustre Louis Kernaleguen, directeur d’ADN. Mais cette sélection atteint ses limites, notamment s’il s’agit de critères difficiles à mesurer (mesures post-mortem comme la qualité de la viande) ou de caractères peu héritables. « Les sélectionneurs doivent répondre à des demandes de plus en plus complexes des utilisateurs, » ajoute Joël Bidanel, de l’Ifip. « Aux critères de rentabilité de l’élevage, s’ajoutent des critères de qualité de la viande parfois difficiles à maîtriser tels que le persillé ou le pH, des demandes sociétales (bien-être, environnement) et les demandes des consommateurs (santé, valeur nutritionnelle…). » La génomique consiste en l’étude de la structure et de la fonction des gènes. C’est un des outils permettant d’améliorer la précision de sélection. Malgré son développement depuis une dizaine d’années, ses applications dans les schémas de sélection existent mais sont encore limitées. C’est le cas par exemple de la recherche des gènes majeurs halothane et RN ou encore de l’utilisation de marqueurs pour la constitution de lignées (voir témoignage d’ADN). Le séquençage de l’ADN du porc est en cours. « Fin août 2008, près des trois quarts du génome porcin était séquencé (71 %). Le séquençage complet sera obtenu courant 2009, » précise Marie-José Mercat, de l’Ifip. Au cours des dernières années, les techniques de séquençage ont fait un bond en avant considérable. On parvient aujourd’hui à séquencer 100 fois plus vite et 100 fois moins cher qu’auparavant. « Le séquençage de l’homme a coûté près de 3 milliards de dollars, celui d’un être supérieur coûte 20 à 40 millions de dollars aujourd’hui et coûtera 80 000 dollars voire beaucoup moins demain. » Ces avancées vont permettre de « démocratiser » l’utilisation de la génétique moléculaire et ouvrent la voie à de nouvelles perspectives en sélection porcine. Des enjeux qui ont été abordés lors des Rencontres de l’Ifip, organisées durant le Space. Près de 60 000 marqueurs (petite région d’ADN dont la séquence est variable entre individus) ont été identifiés chez le porc. Ces marqueurs vont, dans les prochaines semaines, être agencés sur une puce à ADN (test de lecture rapide du génome qui met en relation l’ADN du porc analysé avec les 60 000 marqueurs répertoriés par les chercheurs). Elle facilitera les études d’associations dont l’objectif est de définir les liens entre les génotypes aux marqueurs et les performances des animaux. « Beaucoup d’espoirs reposent sur cette puce et de nombreux projets de recherche l’attendent avec impatience (Délisus qui porte notamment sur le métabolisme, Immopig sur les paramètres de la réponse immune du porc, SwAn ou encore Pig Feed sur l’efficacité alimentaire). » La sélection génomique qui permet de prédire la valeur génétique d’un animal (à la naissance ou sur un embryon) à partir de son seul génome est déjà en place dans plusieurs schémas de sélection de bovins aux USA et même en France. Mais des questions restent en suspend quant à son application en porc : comment faire cohabiter la sélection génomique et l’évaluation génétique (Blup) ? Est-elle utilisable en porc lorsque l’on sait que les descendants d’un reproducteur sont beaucoup moins nombreux qu’en bovin (coût de sélection) ? D’autres applications de la génomique se dessinent. Au delà du séquençage, des progrès importants ont été également réalisés dans les techniques d’identification des protéines exprimées par le génome. Des travaux de recherche réalisés en 2007 sur la qualité de la viande ont, par exemple, permis de mettre en évidence huit protéines impliquées dans la rétention d’eau. La génomique ouvre des perspectives d’évolution considérables. Elle trouvera certainement des applications concrètes en sélection au cours de la prochaine décennie. « Beaucoup d’outils ont été accumulés au cours des dernières années et nous sommes à la croisée des chemins. C’est aujourd’hui qu’il faut se positionner et choisir ses priorités parmi une multitude de possibilités de recherches. » Un choix qui, selon Joël Bidanel, doit être collectif et concerté entre organismes de recherche et organisations de sélection.