Les problèmes liés aux mycotoxines rencontrés en élevage restent très rares, mais peuvent cependant se produire quand les récoltes ont été de mauvaise qualité. Les effets varient en fonction de la quantité ingérée, de l´âge de l´animal, de son stade physiologique et de l´interaction entre les toxines. Pour le DON, qui apparaît le plus souvent dans les analyses de céréales contaminées, on considère que les effets commencent à se faire sentir à partir d´une concentration dans l´aliment de 1 mg/kg (1000 ppb). Les troubles débutent par une baisse de consommation. A des doses plus élevées (2000 ppb), on peut voir apparaître du cannibalisme, des cas de vomissement, voire une baisse de la résistance immunitaire de l´animal. D´autres toxines peuvent entraîner des troubles de la reproduction, se traduisant par de mauvaises venues en chaleur, des tailles de portées réduites et des mort-nés.